মদীনায় তাঁর দাসী মারিয়া আল-কিবতিয়াহর গর্ভে তাঁর পুত্র ইবরাহীম জন্মগ্রহণ করেন এবং তিনি সেখানেই সত্তর রাত বয়সে ইন্তেকাল করেন। বর্ণিত আছে যে, তখন তাঁর বয়স ছিল সাত মাস, আবার কেউ বলেছেন আঠারো মাস। ফাতিমা ব্যতীত তাঁর সকল সন্তানই তাঁর পূর্বে ইন্তেকাল করেন; আর ফাতিমা তাঁর ওফাতের ছয় মাস পর ইন্তেকাল করেন।