ইমাম মুসলিম তাঁকে মজলিস ভঙ্গের কাফফারার হাদিস সম্পর্কে জিজ্ঞাসা করলেন। তখন তিনি (বুখারী) সেই হাদিসের ত্রুটি (علة) বর্ণনা করলেন। কথা শেষ হলে মুসলিম বললেন: "কেবল হিংসুক ব্যক্তিই আপনাকে ঘৃণা করতে পারে। আমি সাক্ষ্য দিচ্ছি যে, দুনিয়াতে আপনার মতো আর কেউ নেই।" ইমাম তিরমিযী বলেন: "আমি ইরাক কিংবা খুরাসানে হাদিসের ত্রুটিসমূহ (علل), ইতিহাস এবং সনদসমূহ (أسانيد) সম্পর্কে বুখারীর চেয়ে বড় কোনো জ্ঞানী দেখিনি।" ইবনে খুযাইমা বলেন: "আসমানের নিচে মুহাম্মদ ইবনে ইসমাইল বুখারীর চেয়ে আল্লাহর রাসূলের সাল্লাল্লাহু আলাইহি ওয়াসাল্লাম হাদিস সম্পর্কে অধিক জ্ঞানী এবং অধিক মুখস্থকারী আমি আর কাউকে দেখিনি।" ইমাম বুখারী রহমাতুল্লাহি আলাইহি ফিকহ শাস্ত্র এবং সুনান ও আছার (آثار) থেকে বিধান উদ্ভাবনের ক্ষেত্রে মুজতাহিদ (مجتهدين) ইমামদের অন্তর্ভুক্ত ছিলেন। তাঁর থেকে বর্ণিত উক্তিগুলোর মধ্যে একটি হলো: "প্রয়োজনীয় এমন কিছু আমার জানা নেই যা কুরআন ও সুন্নাহতে বিদ্যমান নেই।" তাঁকে জিজ্ঞাসা করা হলো: "তা কি জানা সম্ভব?" তিনি বললেন: "হ্যাঁ।"
তাঁর গ্রন্থ 'জামে সহিহ'-এর হাদিসগুলোর ওপর করা তাঁর অধ্যায় বিন্যাস (تراجم) এরই প্রমাণ দেয়। তাঁর অন্যতম উস্তাদ ইসহাক ইবনে রাহওয়াইহ বলেন: "যদি বুখারী হাসান বসরীর যুগে থাকতেন, তবে মানুষ হাদিস, এর তত্ত্বজ্ঞান এবং ফিকহ শাস্ত্রের জন্য তাঁরই মুখাপেক্ষী হতো।" আবু নুআইম, আহমাদ ইবনে হাম্মাদ এবং অন্যরাও বলেছেন: "বুখারী হলেন এই উম্মতের ফকিহ।" আবু মুহাম্মদ আব্দুল্লাহ ইবনে আব্দুর রহমান আদ-দারিমি বলেন: "মুহাম্মদ ইবনে ইসমাইল বুখারী আমাদের মধ্যে সবচেয়ে বিজ্ঞ ফকিহ, সবচেয়ে বড় আলেম, সবচেয়ে গভীর জ্ঞানের অধিকারী এবং আমাদের মধ্যে ইলম অন্বেষণে সবচেয়ে বেশি পরিশ্রমী।" ইবনে কাসির তাঁর ইতিহাস গ্রন্থে বলেন: "তাদের মধ্যে কেউ কেউ তাঁকে ফিকহ ও হাদিসশাস্ত্রে ইমাম আহমাদ ইবনে হাম্বল এবং ইসহাক ইবনে রাহওয়াইহ-এর ওপর শ্রেষ্ঠত্ব দিয়েছেন।" ইমাম বুখারী রহমাতুল্লাহি আলাইহি অত্যন্ত লজ্জাশীলতা, বীরত্ব, দানশীলতা, তাকওয়া (ورع) এবং দুনিয়াবিমুখতায় (زهد) ভূষিত ছিলেন। তিনি ছিলেন আত্মমর্যাদাসম্পন্ন এবং আমির-সুলতানদের থেকে দূরে অবস্থান করতেন। এমনকি বুখারার আমির খালিদ ইবনে আহমাদ আজ-যুহলী তাঁকে ডেকে পাঠালেন যেন তিনি তাঁর সন্তানদের হাদিস শোনান, কিন্তু তিনি যেতে অস্বীকার করলেন। তিনি বললেন: "ইলমের আবাসস্থলেই ইলম অর্জন করতে আসতে হয়।" তখন আমির চাইলেন মানুষকে তাঁর মজলিসে হাদিস শ্রবণ থেকে বিরত রাখতে, কিন্তু মানুষ আমিরের কথা গ্রহণ করল না। তখন আমির তাঁকে দেশান্তরের নির্দেশ দিলেন। বুখারী নিজ শহর ত্যাগ করে সমারকন্দ থেকে দুই ফারসাখ দূরে অবস্থিত 'খারতাঙ্ক' নামক একটি জনপদে চলে গেলেন। সেখানে অবস্থানকালে যখন তিনি দ্বীনের বিষয়ে ফিতনা (فتن) প্রত্যক্ষ করলেন, তখন আল্লাহর কাছে তাঁকে তুলে নেয়ার (মৃত্যুর) দোয়া করতে লাগলেন। এরপরই তিনি অসুস্থ হয়ে পড়েন এবং বাষট্টি বছর বয়সে ঈদুল ফিতরের রাতে ইন্তেকাল করেন। তিনি তাঁর পরবর্তী প্রজন্মের জন্য রেখে গেছেন অফুরন্ত উপকারী জ্ঞান।