তাঁর সময়ে জামে মসজিদের খলীফা (প্রতিনিধি) ছিলেন রাজধানী অঞ্চলের কাজী ‘শায়খ মুহাম্মদ সুওয়াইসী’। বারোশত চার হিজরী সনে তাঁর ইন্তেকালের পর তাঁর স্থলাভিষিক্ত হিসেবে পাঁচ ওয়াক্ত নামাজ ও জুমআর ইমামতি পরিচালনার জন্য রাজধানী অঞ্চলের কাজী ‘শায়খ মুহাম্মদ ইবনে আহমদ আল-তুওয়াইবী’কে নিযুক্ত করা হয়। যেহেতু শেষোক্ত দুই বকরী ইমামের নিকট থেকে জামে মসজিদ ইমামতি, খুতবা কিংবা হাদীস বর্ণনার ক্ষেত্রে কোনো সুফল পাচ্ছিল না, তাই আমীর আলী বাই খলীফার অক্ষমতার সময় মসজিদের ধর্মীয় কার্যাদি সম্পাদনের জন্য ইমাম হিসেবে তৃতীয় একজন খলীফাকে নিযুক্ত করেন। এই উদ্দেশ্যে শরীফ ‘শায়খ আলী ইবনে আহমদ মুহসিন’কে মনোনীত করা হয়। হাদীস বর্ণনার সময় ইমাম বকরী স্বশরীরে মসজিদে উপস্থিত থাকতেন এবং তাঁর দুই খলীফা তাঁর সামনে সহীহ মুসলিম এবং কাযী আইয়ায (রাযিয়াল্লাহু আনহুম আজমাঈন)-এর ‘আশ-শিফা’ পাঠ করতেন।
শায়খ আলী আল-বকরী হলেন শায়খ আবু আল-হাসান আলী ইবনে আবি আল-গাইস ইবনে হাম্মুদা ইবনে আবি আল-গাইস ইবনে আলী ইবনে আবি বকর ইবনে মুহাম্মদ তাজুল আরেফীন, যিনি বকরী ইমামদের মধ্যে দশম। পিতার মৃত্যুর পর প্রয়োজনীয় যোগ্যতা না থাকা সত্ত্বেও তিনি এই পদে আসীন হন। তিনি তাঁর পূর্বসূরীদের চেয়েও গাফলতি ও নির্বুদ্ধিতার ক্ষেত্রে সীমা ছাড়িয়ে যান, এমনকি তিনি নজরবন্দী অবস্থায় ছিলেন এবং তাঁর দেখাশোনার দায়িত্বে ছিলেন প্রভাবশালী ব্যক্তিত্ব আবুল আব্বাস ‘আহমদ আল-নাউয়ী’। তাঁর অবস্থা গোপন রাখার জন্য তিনি তাঁকে বাইরে বের হতে বাধা দিতেন। তাঁর সময়ে তাঁর খলীফা তথা দ্বিতীয় ইমাম ছিলেন রাজধানী অঞ্চলের কাজী শায়খ ‘মুহাম্মদ আল-তুওয়াইবী’ এবং তৃতীয় ইমাম ছিলেন শায়খ আলী মুহসিন। যখন বারোশত নয় হিজরী সনের ২৬শে যিলকদ মাসে তৃতীয় ইমাম মৃত্যুবরণ করেন, তখন কিছুকাল পর বারোশত দশ হিজরীর পহেলা রজব খতমে কুরআন মজলিসে তাজবীদের শায়খ, আলেম ও শরীফ শায়খ ‘উমর আল-মাহজুব’ তাঁর স্থলাভিষিক্ত হন। আর জামে মসজিদের তাজবীদের পাঠদানের আসনে শায়খ ‘মুহাম্মদ ইবনে মুহাম্মদ আস-সাফফার আল-কাইরাওয়ানী আর-রুয়াইনী’ নিযুক্ত হন।
যখন বারোশত সতেরো হিজরীর ৯ই শাওয়াল মোতাবেক ১৮০৩ সালের ২১শে জানুয়ারি মঙ্গলবার রাতে দ্বিতীয় ইমাম ইন্তেকাল করেন, তখন হাম্মুদা পাশা ১৬ই শাওয়াল মঙ্গলবার শায়খ ‘উমর আল-মাহজুব’কে দ্বিতীয় ইমাম হিসেবে নিযুক্ত করেন এবং নেককার আলেম শায়খ ‘মুহাম্মদ আল-আইয়ুনী’কে তৃতীয় ইমাম হিসেবে নিযুক্ত করেন। তিনি পাঠদানের সময় খতমে কুরআন মজলিসের সামনের দুটি সংলগ্ন স্তম্ভে হেলান দিয়ে বসতেন। মসজিদে তাঁর একটি কারামত প্রকাশ পেয়েছিল; ঘটনাটি ছিল এই যে, দ্বিতীয় ইমাম অসুস্থ হয়ে পড়লে তিনি মানার পাহাড়ে রাত যাপনের ইচ্ছা করেন। তিনি নামাজের জন্য খতমে কুরআনের শায়খকে স্থলাভিষিক্ত করে মানার পাহাড়ে চলে যান। দৈবক্রমে সেই নায়েব বা স্থলাভিষিক্ত ব্যক্তির রাতের শুরুতে উদরাময় (ডায়রিয়া) দেখা দেয়। অত্যন্ত ক্লান্ত অবস্থায় তিনি জামে মসজিদে এশার নামাজে উপস্থিত হন এবং পরবর্তীতে তাঁর শারীরিক সমস্যা আরও বৃদ্ধি পায়। এদিকে শায়খ আল-আইয়ুনী যখন মাঝরাতে মানার পাহাড়ে তাঁর সঙ্গীদের সাথে বসা ছিলেন, তখন তিনি তাঁদের বললেন: ‘আমাকে এখনই তিউনিসে ফিরতে হবে।’ তিনি তখনই বেরিয়ে পড়লেন এবং চাঁদের আলোয় পথ দেখে ফিরে এলেন। যখন ফজরের নামাজের সময় হলো এবং মসজিদের বাতিদানকারী ব্যক্তি নায়েবের উপস্থিতির ব্যাপারে নিরাশ হয়ে পড়লেন, তখন তিনি মসজিদ খুলে দিয়ে কিংকর্তব্যবিমূঢ় হয়ে অপেক্ষা করছিলেন; এমন সময় হঠাৎ শায়খ আল-আইয়ুনী (রাযিয়াল্লাহু আনহু) মসজিদে এসে উপস্থিত হলেন।
তাঁর ইমামতির মেয়াদ দীর্ঘ হয়নি, বরং অতি শীঘ্রই তিনি আল্লাহর পথের দিকে মনোনিবেশ করেন এবং দুনিয়া ও এর মায়াজাল ত্যাগ করেন। সেই সময় দ্বিতীয় ইমাম অসুস্থ হয়ে পড়লে আমীর হাম্মুদা পাশা বিদগ্ধ আলেম শায়খ ‘উমর ইবনে আলী আল-মুয়াদ্দিব’কে নিয়োগ প্রদানের নির্দেশ পাঠান। ফলে বারোশত বিশ হিজরীর ২৮শে জুমাদাস সানি রবিবার সকালে তিনি তৃতীয় ইমাম হিসেবে দায়িত্ব গ্রহণ করেন। ইমাম বকরী অক্ষম এবং খলীফা অসুস্থ থাকায় তিনি দীর্ঘকাল জামে যায়তুনায় পাঁচ ওয়াক্ত নামাজ ও জুমআর ইমামতি এবং পাঠদান অব্যাহত রাখেন। আর খতমে কুরআন মজলিসের শায়খ হিসেবে শায়খ ‘মুহাম্মদ আস-সাফফার’ তাঁর মর্যাদাপূর্ণ পদে বহাল ও সম্মানিত ছিলেন।
বলা হয় যে, আমীর হাম্মুদা পাশার কাছে যখন সেই অনন্য সুমধুর কণ্ঠের অধিকারীর মৃত্যুর সংবাদ পৌঁছাল যিনি