তিনি যেমন আত্মার চিকিৎসক ছিলেন, তেমনি দেহেরও চিকিৎসক ছিলেন। বাহ্যিক চিকিৎসাবিদ্যায় তাঁর বহু রচনা রয়েছে। বর্ণিত আছে যে, ভেষজ উদ্ভিদ তাঁকে ডেকে বলত, "আমি অমুক রোগের নিরাময়।" তাঁর ঘটনাবলির মধ্যে একটি হলো, উজির খলিল পাশার পুত্র সুলেমান চেলবি সুলতান মুরাদ খানের শাসনামলে সামরিক বিচারক (কাজি-ই আসকার) ছিলেন। তিনি তাঁর পিতার মন্ত্রিত্বের সময়ে এদির্নে শহরে অসুস্থ হয়ে পড়েন এবং সে সময় উক্ত শাইখও সেই শহরে অবস্থান করছিলেন। উক্ত উজির তাঁর পুত্রের জন্য দোয়া করতে এবং তার চিকিৎসার জন্য শাইখকে আহ্বান জানান। বর্ণিত আছে যে, উক্ত শাইখের অন্যতম খলিফা ইবনুল মিসরি নামে পরিচিত শাইখ আব্দুর রহিম বলেন: আমি শাইখের সাথে উক্ত রোগীর কাছে গেলাম। আমরা যখন তাঁর নিকট প্রবেশ করলাম, তখন দেখলাম সুলতানের চিকিৎসকরা রোগীর চারপাশে ঘিরে চিকিৎসার জন্য ওষুধ প্রস্তুত করছেন। শাইখ চিকিৎসকদের জিজ্ঞেস করলেন, "এটি কী রোগ?" তাঁরা বললেন, "অমুক রোগ।" শাইখ বললেন, "তোমরা তাকে সরসাম (মস্তিষ্ক ঝিল্লির প্রদাহ) এর ওষুধ দিয়ে চিকিৎসা করো।" চিকিৎসকরা তাঁর কথা প্রত্যাখ্যান করলেন এবং রোগীর কাছ থেকে বেরিয়ে গেলেন। তখন শাইখ একটি দোয়াত নিলেন এবং ওষুধের নামগুলো লিখে দিলেন। অতঃপর তাঁরা সেগুলো উপস্থিত করল এবং তিনি সেগুলোর মাধ্যমে চিকিৎসা করলেন। তাৎক্ষণিকভাবেই সুফল প্রকাশ পেল। তা সত্ত্বেও তিনি রোগীর অবস্থা সম্পর্কে কোনো জিজ্ঞাসাবাদ করেননি এবং তাঁর রোগের লক্ষণসমূহও পর্যবেক্ষণ করেননি। ইবনুল মিসরি বলেন, যখন আমরা রোগীর কাছ থেকে বের হলাম, শাইখ আমাকে বললেন, "আমি যদি তাঁর ব্যাপারে চুপ থাকতাম, তবে চিকিৎসকরা তাদের চিকিৎসার মাধ্যমে তাকে ধ্বংস করে ফেলত।" অতঃপর সুলতান মুহাম্মদ খান যখন কনস্টান্টিনোপল বিজয়ের সংকল্প করলেন, তখন তিনি শাইখকে জিহাদের জন্য আহ্বান করলেন। তিনি শাইখ আক বিককেও আহ্বান করেন এবং তাঁদের নিকট কনস্টান্টিনোপল বিজয়ে গমনের জন্য মরহুম আহমদ পাশা ইবনে ওয়ালিউদ্দিনকে পাঠালেন। আক বিক ছিলেন একজন মজজুব ব্যক্তি, তাঁর পক্ষ থেকে (যুদ্ধ সংক্রান্ত) বিশেষ কিছু ঘটেনি। কিন্তু শাইখ আক শামসুদ্দিন বললেন, "মুসলমানগণ অমুক দিনে ঠিক চাশতের সময়ে অমুক স্থান দিয়ে দুর্গে প্রবেশ করবে, আর আপনি তখন সুলতান মুহাম্মদ খানের নিকট থাকবেন।" শাইখের এক সন্তান আমার কাছে বর্ণনা করেছেন যে, সেই সময় উপস্থিত হলো কিন্তু তখনও দুর্গ বিজিত হলো না। এতে সুলতানের পক্ষ থেকে আমাদের মনে প্রচণ্ড ভয়ের উদ্রেক হলো। আমি শাইখের কাছে গেলাম, তিনি তখন তাঁর তাঁবুতে ছিলেন। তাঁর জনৈক খাদেম দরজায় দাঁড়িয়ে ছিল এবং সে আমাকে প্রবেশ করতে বাধা দিল, কারণ শাইখ তাকে নির্দেশ দিয়েছিলেন যেন কেউ তাঁর কাছে প্রবেশ না করে। আমি তাঁবুর রশিগুলো সরিয়ে উঁকি দিয়ে দেখলাম যে, তিনি মাটির উপর সিজদায় পড়ে আছেন, তাঁর মাথা অনাবৃত এবং তিনি রোনাজারি ও কান্নাকাটি করছেন। আমি আমার মাথা তোলার আগেই তিনি নিজের পায়ের ওপর দাঁড়ালেন এবং তাকবির দিলেন। অতঃপর বললেন, "আলহামদুলিল্লাহ, আল্লাহ তাআলা আমাদের দুর্গ বিজয়ের নেয়ামত দান করেছেন।" বর্ণনাকারী বলেন, এরপর আমি দুর্গের দিকে তাকালাম এবং দেখলাম সমস্ত সৈন্য দুর্গে প্রবেশ করেছে। আল্লাহ তাআলা তাঁর দোয়ার বরকতে বিজয় দান করলেন। তাঁর দোয়া সপ্ত আসমান ভেদ করে উপরে উঠে যেত, অতঃপর তা বিচ্ছুরিত হয়ে দিগন্তকে বরকতে পূর্ণ করে দিত। সুলতান মুহাম্মদ খান যখন দুর্গে প্রবেশ করলেন, তিনি তাঁর পাশে তাকিয়ে দেখলেন যে সেখানে ইবনে...